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京都大学 大学院
理学研究科
物理学第一教室
非線形動力学研究室


〒606-8502
京都市左京区
北白川追分町

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解析ツール

論文
 
非線形動力学研究室・篠本グループ
Shinomoto group / Nonlinear dynamics lab.
メンバー
    篠本 滋 准教授 shinomoto[at]scphys.kyoto-u.ac.jp 434号室
    藤田 和樹 D2 fujita.kazuki.37n[at]st.kyoto-u.ac.jp 406号室
    Luis Iván Hernández Ruíz M1 hernandez.ivan.58e[at]st.kyoto-u.ac.jp 406号室

※メールアドレスは[at]を@に変更してください。

研究対象: 神経コーディングと脳神経系の計算 / 地震活動のダイナミクス / 社会のコミュニケーション

研究対象: 神経スパイクや地震などイベントの時系列 (シングル,マルチ) / 局所場ポテンシャル

解析手法: 状態空間モデル / 隠れマルコフモデル / ガウシアングラフィカルモデル

研究観: いま科学技術は,形式理論やトップダウンモデリング中心の「理論の時代」から,実データに基づいたモデリング・解析・予測制御を行う「実証の時代」へと変遷しようとしています.これは,工業が家内制手工業から工場制機械工業へと変遷した産業革命を彷彿させる大変革期だと思います.計測技術の発展に伴って大量の信号を同時計測することが可能となった現代に求められるのは,大規模データを自動収集し,モデルを自動選択し,現象の将来予測を行うためツールであり,その基礎を与える体系的理論であると思います.我々はイベント時系列解析の理論を作っています.
セミナー

セミナー担当:藤田和樹

スケジュール
輪読会・論文紹介
  • 輪読会 毎週火曜日 15時30~ 412号室
  • 論文紹介 毎週金曜日 16時00~ 神谷研究室
最近の論文

Reconstructing Neuronal Circuitry from Parallel Spike Trains.
R. Kobayashi, S. Kurita, A. Kurth, K. Kitano, K. Mizuseki, M. Diesmann, B.J. Richmond, and S. Shinomoto,
Nature Communications (2019) 10:4468.

Identifying exogenous and endogenous activity in social media.
K. Fujita, A. Medvedev, S. Koyama, R. Lambiotte, and S. Shinomoto,
Physical Review E (2018) 98:052304 arXiv1808.00810.

Computational Neuroscience: Mathematical and Statistical Perspectives
R.E. Kass, S. Amari, K. Arai, E.N. Brown, C.O. Diekman, M. Diesmann, B. Doiron, U.T. Eden, A. Fairhall, G.M. Fiddyment, T. Fukai, S. Gruen, M.T. Harrison, M. Helias, H. Nakahara, J. Teramae, P.J. Thomas, M. Reimers, J. Rodu, H.G. Rotstein, E. Shea-Brown, H. Shimazaki, S. Shinomoto, B.M. Yu, and M.A. Kramer,
Annual Review of Statistics and Its Application (2018) 5:183-214.

Correlations and forecast of death tolls in the Syrian conflict
Kazuki Fujita, Shigeru Shinomoto and Luis E. C. Rocha, Scientific Reports (2017) 7:15737
DOI:10.1038/s41598-017-15945-x

Concurrency-induced transitions in epidemic dynamics on temporal networks.
Tomokatsu Onaga, James P. Gleeson, and Naoki Masuda, Physical Review Letters (2017) 119,108301

Inferring objects from a multitude of oscillations.
M. Furukawa and S. Shinomoto, Neural Computing and Applications (2017) 1-8.
DOI:10.1007/s00521-016-2752-3

Emergence of event cascades in inhomogeneous networks
T. Onaga, S. Shinomoto, Scientific Reports (2016) 6:33321.
DOI:10.1038/srep33321

Similarity in neuronal firing regimes across mammalian species.
Y. Mochizuki, T. Onaga, H. Shimazaki, T. Shimokawa, Y. Tsubo, R. Kimura, A. Saiki, Y. Sakai, Y. Isomura, S. Fujisawa, K. Shibata, D. Hirai, T. Furuta, T. Kaneko, S. Takahashi, T. Nakazono, S. Ishino, Y. Sakurai, T. Kitsukawa, J.W. Lee, H. Lee, M.W. Jung, C. Babul, P.E. Maldonado, K. Takahashi, F.I. Arce-McShane, C.F. Ross, B.J. Sessle, N.G. Hatsopoulos, T. Brochier, A. Riehle, P. Chorley, S. Gruen, H. Nishijo, S. Ichihara-Takeda, S. Funahashi, K. Shima, H. Mushiake, Y. Yamane, H. Tamura, I. Fujita, N. Inaba, K. Kawano, S. Kurkin, K. Fukushima, K. Kurata, M. Taira, K. Tsutsui, T. Ogawa, H. Komatsu, K. Koida, K. Toyama, B.J. Richmond, and S. Shinomoto, Journal of Neuroscience (2016) 36:5736-5747.

Efficient information transfer by Poisson neurons.
L. Kostal and S. Shinomoto, Math Biosci Eng (2016) 13:506-520

Microscopic instability in recurrent neural networks.
Y. Yamanaka, S. Amari and S. Shinomoto, Physical Review E (2015) 91:032921.

Estimation of Neuronal Firing Rate.
S. Shinomoto, Encyclopedia of Computational Neuroscience (Springer 2014)
DOI:10.1007/978-1-4614-7320-6_392-5

Bursting transition in a linear self-exciting point process.
T. Onaga and S. Shinomoto, Physical Review E (2014) 89:042817.

Analog and digital codes in the brain.
Y. Mochizuki and S. Shinomoto, Physical Review E (2014) 89:022705.

Estimating nonstationary inputs from a single spike train based on a neuron model with adaptation.
H. Kim and S. Shinomoto, Mathematical Biosciences and Engineering (2014) 11: 49-62.

Information transmission using non-Poisson regular firing.
S. Koyama, T. Omi, R.E. Kass, and S. Shinomoto, Neural Computation (2013) 25:854-876.

Estimating nonstationary input signals from a single neuronal spike train.
H. Kim and S. Shinomoto, Physical Review E (2012) 86:051903.

Detection limit for rate fluctuations in inhomogeneous Poisson processes.
T. Shintani and S. Shinomoto Physical Review E (2012) 85:041139.

Estimating time-varying input signals and ion channel states from a single voltage trace of a neuron.
R. Kobayashi, Y. Tsubo, P. Lansky, and S. Shinomoto, Advances in NIPS (2012) 24: 217-225.

全ての論文
学会発表

卒業生および関係者
  • 後藤 達也 (アクセンチュア)
  • 翁長 朝功 (東北大学)
  • 古川 雅博 (経営共創基盤)
  • 吉田 和輝 (チームラボ)
  • 新谷 俊了 (システム計画研究所)
  • 望月 泰博 (理化学研究所 BSI)
  • 山中 譲
  • 栗田 修平 (理化学研究所 AIP)
  • 金 秀明  (NTT研究所)
  • 山内 智   (Yahoo)
  • 近江 崇宏 (ストックマーク)
  • 秦 重史   (鹿児島大学)
  • 大久保(松野) 奈苗
  • 阪本 雄一郎(Acroquest Technology)
  • 下川 丈明 (三菱電機)
  • 小林 亮太 (東京大学)
  • 新井 賢亮 (カーネギーメロン大学)
  • 島崎 秀昭 (北海道大学)
  • 青木 高明 (香川大学)
  • 小山 慎介 (統計数理研究所)
  • 宮崎 陽一 (Microsoft)
  • 三浦 佳二 (関西学院大学)
  • 大渕 豊  
  • 後藤 昌夫 (特許庁)
  • 佐々木 徹 (NTTデータ)
  • 石橋 秀亮 
  • 橋田 和典 (明治安田生命)
  • 坪 泰宏   (立命館大学)
  • 酒井 裕   (玉川大学)
  • 倉沢 健一 (野村証券)
  • 高村 幸治 (野村総研)
  • 樺島 祥介 (東京大学)

※所属は必ずしも最新のものとは限りません.確認できていない人は書かれていません.

招聘教授/ポスドク研究者/外国人学生
  • Yunhan Du (Visiting Student 2017 - 2019)
  • Rik Voorhaar (Visiting Student 2014)
  • Guido Baardink (Visiting Student 2014)
  • Jinfeng Xiao (Visiting Student 2013)
  • Hang Yu (Visiting Student 2012)
  • Xiaoxue Zhao (Visiting Student 2009)
  • Axel Rossberg (Postdoctoral Fellow 1999 - 2000)
  • Battogtokh Dorjsuren (Postdoctoral Fellow 1997 - 1999)
  • Philippe Marcq (Postdoctoral Fellow 1996 - 1998)
  • Prabodh Shukla (Visiting Professor 1996)
  • Christian Kurrer (Post Doctoral Fellow 1994 - 1995)
  • Seung Kee Han (Visiting Professor 1994 - 1995)
  • Michael Crair (Post Doctoral Fellow 1992 - 1993)
  • Eric Sulpice (Post Doctoral Fellow 1988 - 1990)
  • Edgar Knobloch (Visiting Professor 1987 - 1988)

このサイトに関するお問い合わせ: 藤田 和樹(email: fujita.kazuki.37n[at]st.kyoto-u.ac.jp)